یکی از وظایف ما در این انستیتو  ایجاد شرایط مراقبت از بیمار بصورت ایمن و با کیفیت از طریق  آموزش و پژوهش می باشد، در همین راستا ، در بخش پیشگیری از عفونت با استفاده از منابع علمی وعملی اثبات شده ، کاهش عفونتهای بیمارستانی را جهت کارکنان ، بیماران و خانواده های آنان فراهم می کند. از طریق فعالیت های نظارتی، موارد احتمالی بروز عفونت بیمارستانی را که مرتبط با مراقبت های بهداشتی میباشند را شناسایی نموده و برنامه های عملی را با همکاری واحدهای مختلف مانند  پزشکی، پرستاری ، اعتبار بخشی و واحدهای مرتبط برای کاهش این خطرات تنظیم و اجرایی می نماید. در ارتباطات خارج مرکزی ، با مرکز کنترل بیماریها(CDC) ، سازمان جهانی بهداشت (WHO)،وزارت بهداشت و مراکز بهداشت در ارتباط بوده و از بروز اپیدمی بیماریهای عفونی شایع کشور ، منطقه و جهان مطلع گردیده و راهکارهای مربوطه را اجرا می نماید ، همچنین عفونتهای بیمارستانی و بیماریهای واگیر موجود در لیست گزارشات فوری و ماهانه را به مراکز بالاتر گزارش نموده و در نهایت  مدیریت در مواجهه شغلی با خون و ترشحات ، برنامه واکسیناسیون بیماران پیوندی و کارکنان ، ارزیابی مواد و لوازم حیطه پیشگیری و کنترل عفونت و ...  از عمده اقداماتی است که انجام میگردد و به لحاظ علمی با منابع جدید کشوری و جهانی همسو می باشد.

این واحد زیر نظر مستقیم معاونت درمان مرکز انجام وظیفه می نماید.